21世紀初，人類將多數人留在被哥斯拉蹂躪的地球上，僅使被選中的人們乘上恒星間移民船·阿拉特拉姆，前往能夠移居的“約定之地·τ星e”。但這一計劃失敗，人類只得再度返回地球。而長距離亞空間航行所引發的時空歪曲，導致人類回到的地方變成了“兩萬年后的地球”。在這個地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉襲擊的同時，與埃克西弗、比爾沙爾德兩種族的異星人共同實行謀劃了20年的“對哥斯拉戰術”，通過殊死戰斗成功擊倒了哥斯拉。 但喜悅并未持續多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”現身了。兩萬年間持續成長生存、身高300米、質量超過10萬噸，在進化成這種姿態的超巨大哥斯拉壓倒性的破壞力面前，晴男等人落花流水。 拯救了晴男的是被視為人類的殘存者“弗圖亞”之民，米亞娜。弗圖亞是他們在這個地球首次遇到的人型生命種族。他們會是人類的子孫嗎——?！案D亞的神也被哥斯拉擊破，如今只...